自9·11以來，人類社會在墮落和滅亡的道路上高歌猛進。2013年，莫斯科、倫敦、上海、東京等國際大都會接連發生等級超越9·11的恐怖襲擊事件，世界局勢危在旦夕。圣火在東京一隅的少年島村喬（宮野真守 飾），其真實身份是編號為009的人造人，他誕生的初衷便是保護世界和平。如今消除了往昔記憶的他再也無法獨善其身，經過一系列的波折，終于和當年的伙伴們001伊凡·維斯基（玉川砂記子 配音）、002杰特·林格（小野大輔 配音）、003法蘭索娃·阿爾達努（齋藤千和 配音）、004艾柏特·海因利希（大川透 配音）、005索羅門·索尼亞（丹澤晃之 配音）、006張張胡（增岡太郎 配音）、007葛雷特·布林頓（吉野裕行 配音）會面。擁有超人一般能力的他們，面臨前所未有的挑戰……本片根據漫畫家石之森章太郎的原作改編。