明青學園高中部迎來新的學年，上杉達也（三ツ矢雄二 配音）和淺倉南（日高のり子 配音）順利升入高三。在這新的征程伊始，棒球部的各位卻迎來不大不小的風波。西尾教練突然病倒，之前的女經理推部。小南自然不會放任不管，她強烈要求校長讓她重新擔任棒球部的經理。與此同時，西尾教練也拜托早年畢業于明青學園柏葉英二郎擔任代理教練。英二郎嚴肅冷峻，言語尖刻，被隊員們稱作魔鬼教練。伴隨每一天艱苦嚴苛的訓練，大賽的日子終于臨近。通往甲子園的路上，達也和新田明男（井上和彥 飾）宿命的決戰即將到來……本片根據漫畫家安達充的同名原作改編，是該系列動畫的第三部劇場版。