故事發生在日本的元志元年，江湖險惡，人心動蕩。為了復仇，個頭矮小父母雙亡的少年鐵之助（小林由美子 配音）以成為“鬼”為目標，要求加入當時十分有威望的武士組織新撰組。在新撰組里，鐵之助認識了外表溫柔劍術高超的一番組組長沖田總司（齋賀彌月 配音），以及外表鬼畜卻心思細密的新撰組副長土方歲三（中田讓治 配音）。組中各類有趣的人等讓鐵之助的生后變得多姿多彩，而柔弱的少女沙夜（高橋美佳子 配音）更是撩動了少年稚嫩的心弦。在新撰組內，嚴明的紀律必不可少，有時甚至嚴苛到了違背人性的地步。目睹著和激進攘夷派做著不懈斗爭的組員，看著他們為了維護自己的尊嚴寧可丟失性命，鐵之助在心里暗下決心，要讓這武士道精神流傳下去。