鄉下的14歲少女艾麗卡，為了成為傳說中的“乙HiME”，不遠萬里來到繁華的大都市，想要在風華王國的加爾德羅貝學院學習。所謂“乙HiME“，是王權貴族們為了保護自己所招募的，通過建立契約而使用超能力的少女們的通稱。這是每個少女都夢想的職業，艾麗卡也不例外。但加爾德羅貝學院的入學條件十分苛刻，艾麗卡對此無能為力。正當艾麗卡一籌莫展之際，她竟遇到被士兵追捕的風華王國公主真白公主！原來，真白厭倦王室無聊的生活，逃離了王宮。二人逃離追兵后，突然遭遇了奇怪生物的襲擊，加爾德羅貝學院的預備生尼娜?王與學院中的乙HiME開始了公主營救行動。不平凡的開端，艾麗卡通向乙HiME的道路，到底如何是好？